长江航道测量中心机关内设机构主要职责:

行政办公室：主要负责综合行政、协调、管理及人事、保卫、后勤保障等工作；

计划财务科：主要负责规划建设和财务管理等工作；

测绘管理科：主要负责测绘生产计划、调度、监督和测绘质量、技术、成果管理等工作；

安全设备科：主要负责安全监督管理、船艇及测绘仪器设备管理等工作；

科技发展科：主要负责科技发展的组织、协调及具体实施工作；

党群工作部：主要负责组织、宣传、工会、团委、纪检监察、审计等工作。

长江航道测量中心直属单位主要职责：

第一测绘处：主要负责组织和承担长江下游航道测量及水文观测等相关工作；

第二测绘处：主要负责组织和承担长江中游航道测量及水文观测等相关工作；

第三测绘处：主要负责组织和承担长江上游航道测量及水文观测等相关工作；

数据中心：主要负责测绘数据成果资料汇总、管理、处理、更新、服务等工作，制定并指导各区域局测绘单位的相关数据管理规范，参与测绘成果质量审查和验收；

特种测绘处：主要负责长江干线航道应急和特种测绘工作，包括实施对航道碍航物及河床底质探测、航道及水工建筑物扫测、检测、监测等；负责船舶基地日常管理工作。